Il protestantesimo in Europa si diffuse non tanto nella versione luterana, bensì in quella calvinista. Giovanni Calvino possedeva un temperamento diverso da Lutero, la sua dote principale era infatti la misura e l’equilibrio, usava toni sempre pacati e misurati. Al centro della teologia di Calvino troviamo il tema dell’assoluta sovranità di Dio. A differenza di Lutero, che risaltava il miracolo del perdono divino, Calvino sottolineava, nella dottrina della predestinazione, che Dio avrebbe diviso gli esseri umani in due categorie: gli eletti e i dannati. Si faceva parte degli eletti solo tramite la fede e la capacità di rispettare i comandamenti di Dio. Le principali regioni dove si diffuse il calvinismo furono la Scozia, l’Inghilterra e la Francia, è da sottolineare che questa fede non si diffuse per mezzo dei principi, ma venne divulgata “dal basso” e per questo fu perseguitata e minoritaria.
In seguito alla diffusione del protestantesimo il primo ad agire con tempestività fu Ignazio di Loyola che nel 1539 diede vita all’ordine dei gesuiti. I gesuiti vennero preparati con cura sotto il profilo teologico e culturale, aprendo inoltre scuole e collegi. Il cattolicesimo propose ai fedeli luoghi di culto abbaglianti, con immagini della vergine e dei santi per la meditazione dei fedeli.
La chiesa, per ripensare sui propri ordinamenti e sulla propria dottrina convocò un concilio ecumenico, ossia un’assemblea dei vescovi di tutte le terre cattoliche. Il concilio fu aperto da papa Paolo III nel novembre del 1542 e durò per quasi vent’anni. Si cercò di contrastare Lutero e i suoi concetti base. Ci fu inoltre una riforma del clero. Vescovi e preti avevano l’obbligo di residenza nelle parrocchie di cui erano responsabili, i preti non potevano sposarsi e dovevano frequentare i seminari.